Më 21 nëntor të vitit 1923, Fan Noli u emërua peshkop i Korçës dhe mitropolit i Durrësit.

Fan Noli e pati kishtarinë një busull që do ta udhëhiqte jo vetëm drejt priftërisë por do ta motivonte edhe në dedikimin ndaj kauzës kombëtare.

Rrasën e priftit e veshi për herë të parë më 8 mars 1908, pasi u shugurua nga kryepeshkopi ortodoks rus i Nju Jorkut, Platoni. Në atë kohë, Noli i dha zë shqipes, duke mbajtur për herë të parë liturgjinë në gjuhën e tij amtare, në kishën e Bostonit. Në vitin 1911, Evropa ishte ndalesa e tij e radhës, ku do të vijonte me dhënien e shërbesave kishtare në shqip, për kolonitë shqiptare në Kishinjev, Odesë, Bukuresht dhe Sofje.

Imzot Noli, hedhësi i themeleve të Kishës Ortodokse Autoqefale Shqiptare, spikati edhe në aktivitetin diplomatik, si përfaqësues i vendosur i interesave të vendit. Në vitin 1920 u dekretua prej qeverisë së Sulejman Delvinës, si kryetar i delegacionit shqiptar në Lidhjen e Kombeve, ku së bashku me Mit’hat Frashërin dhe Hilë Mosin, militoi për pranimin e vendit në këtë organizëm ndërkombëtar me frymë paqeruajtëse.